분류 전체보기 썸네일형 리스트형 heatmap.3 example https://www.biostars.org/p/18211/ 다양한 카테고리를 표시해야할 경우에 아주 좋은 예시 #If not already installed#install.packages("gplots")#install.packages("devtools") #Load necessary packageslibrary("gplots")library("devtools") #Load latest version of heatmap.3 functionsource_url("https://raw.githubusercontent.com/obigriffith/biostar-tutorials/master/Heatmaps/heatmap.3.R") #Set a working directory for output filesset.. 더보기 데이터가 총 몇줄짜린지 확인하자 counts all lineswc -l filename filtered datagrep -w "pattern" -c filename 더보기 NA를 0으로 바꾸자 사실 되게 간단하다. d[is.na(d)] 더보기 sed 사용 다루고자 하는 매트릭스의 header가 이상해서 바꿔야 했다. $ sed -i "1s/.*/blahblah/g" filename -i ; 바꾼 상태에서 저장 1s ; 첫 번째 라인과 substitute option blahblah ; 바꾸고자 하는 내용. 변수의 내용을 넣고 싶으면 sed -i "1s/.*/$var/g" filename 형태로 써준다. 나는 변수에 담긴 내용을 가져다 쓰려고 했는데 var='cat blah.txt'var=$(cat blah.txt) 두 가지 변수 선언 방법 중 아래 것으로 해야 한다. 하지만, R에서 system()으로 작업할 때는 커맨드창에서 직접 치는거랑 똑같이 썼는데 안된다는 점....결국 변수 선언으로 하지 못하고 R에서 불러와서 했다는... 더보기 awk 사용 15기가 짜리 매트릭스를 다뤄야 하는데, R로는 불러오기조차 힘들어서 리눅스로 해결해야 했다. ex) 열 출력awk '{print $1" "$3}' filename > 1_3_cols.txt$1 $3 사이의 " "를 두어 열과 열 사이의 공백을 두었다. 행 출력awk 'FNR == 1 {print}' filename > 1_row.txt 더보기 precision pharmacological medicine problem 문제를 정의하자. Genomic + Clinical feature를 포함해서 어떤 특징들을 갖는 tumor가 무슨 약물에 대해서 어떠한 특징들을 갖게 되는가? 더보기 어려운 것이다 생물학은 어려운 것 같다. 온통 가정과 불확실 투성이다.변화의 요인이 될만한게 너무 많다. 물리도 마찬가지지만, 생물보단 가정해서 문제를 풀어나가기 쉬운 것 같다. 더보기 Pharmacogenomic agreement between two cancer cell line data sets http://www.nature.com/nature/journal/v528/n7580/full/nature15736.html cancer cell line과 drug response에 대한 대표적인 두 가지 데이터베이스인 CCLE와 GDSC에 대한 비교 분석이다. 이전의 논문들이 두 기관에서 나오는 데이터의 consistency에 대해 의문을 제기한 데 반해 본 논문은 '조건부' 일치에 대한 주장을 한다. 마저 읽고 정리하겠다... 더보기 tar.gz 한번에 압축 풀기 tar.gz 여러 파일 한번에 압축 풀기 계속 까먹는다. find . -name "*.tar.gz" -exec tar xzvf {} \; 더보기 속사람이 새로워진다는 것 약 2년간의 군생활 동안 나의 모습 상당부가 바뀌었다. 집에 오니 얘가 집안 정리를 하는 모습을 보이고, 운동도 꾸준히 하고사람을 상대하는 모습들, 아무래도 그 간의 시간들은 결코 사람을 변화시키기엔 짧은 시간이라 생각하지 않는다. 나를 드러내기 위한 좋은 모습들을 갖추어 가고 있지만 내면의 변화는 조금 더 생각해 보아야 겠다.부대 안에서의 온갖 불평, 불만들 체제에 대한 비난, 비판속사람이 새로워 질 수 있도록...! 더보기 이전 1 다음